O Programa de Conservação do Peixe-boi da Amazônia teve início em 2003, no Parque Nacional de Anavilhanas. Desde então a equipe de pesquisadores do IPÊ promove a conservação da espécie na região do baixo Rio Negro, por meio da realização de estudos com animais de vida livre, de projetos de reintrodução e de atividades de conscientização ambiental.
A região do baixo Rio Negro, onde fica o Parque Nacional de Anavilhanas, é composta por um mosaico de Unidades de Conservação (UCs), que forma a maior área contínua de proteção ambiental do mundo.



O sauim-de-coleira (Saguinus bicolor) é endêmico da Amazônia central, na área de Manaus, e tem uma das menores distribuições de qualquer primata amazônico. Sua distribuição estende-se a norte do rio Amazonas, ao longo da margem esquerda do Rio Negro, a oeste até o rio Urubu, a leste do rio, ao norte a espécie ocorre até o km 35 da BR174, com uma área de sobreposição com outras espécies o Saguinus midas
Quando o turismo está diretamente associado a Unidades de Conservação, torna-se importante encontrar o equilíbrio entre maximizar a qualidade da experiência do visitante e, ao mesmo tempo, minimizar os efeitos negativos desta atividade sobre o ambiente.
Este projeto pretende atuar diretamente nas questões da agricultura, da segurança alimentar e da valorização cultural, com a abertura de novas frentes de ação para a conservação e uso sustentável da biodiversidade. O trabalho teve início em 2005, inicialmente como projeto Etnobotânica e Manejo Agroflorestal (que objetivava realizar diagnósticos participativos, pesquisa etnobotânica e iniciar projetos agroecológicos como o Meliponicultura e Sistemas Agroflorestais.) com a aprovação, pelo Fundo Nacional do Meio Ambiente (FNMA).
Segundo o artigo 26 do SNUC (Sistema Nacional de Unidades de Conservação), quando existem Áreas Protegidas (APs) de categorias diferentes ou não (parques, estações ecológicas, reservas extrativistas e terras Indígenas) em proximidade, justapostas ou sobrepostas, é interessante constituir um mosaico dessas áreas, com gestão integrada e participativa, para conservar a biodiversidade e valorizar a diversidade sócio-cultural e o desenvolvimento local sustentável.
Para consolidar as novas Unidades de Conservação criadas pelo programa ARPA e fortalecer a gestão das unidades existentes na Amazônia, são imprescindíveis os esforços de capacitação de pessoal, especialmente diante da atual tendência de renovação do corpo técnico para a gestão das unidades de conservação (UCs) e da ampliação do conceito de gestão. Neste contexto o IPÊ e o WWF-Brasil desenvolveram o “Curso Introdutório de Gestão de Unidades de Conservação da Amazônia”. Este curso tem como objetivo proporcionar aos participantes noções básicas e orientações para a gestão das unidades de conservação, baseadas em uma visão integradora das questões sociais, naturais e ambientais relacionadas à paisagem e ao contexto regionais.
Para desenvolver o projeto, o IPÊ dispõe de um barco, o “Maíra I”, meio de transporte fundamental para chegar às comunidades ribeirinhas, já que o acesso na região é feito exclusivamente por via fluvial.O barco percorre a região do baixo Rio Negro até as localidades, promovendo capacitações, apoiando atividades de organização comunitária e educativas. O barco possui acomodações para 16 pessoas em cabines e 10 em redes.