Embora sua fundação oficial tenha sido em 1992, o IPÊ - Instituto de Pesquisas Ecológicas, começou sua história bem antes disso, em 1978, quando Claudio Padua resolveu deixar para trás a carreira bem sucedida de diretor administrativo de indústrias no Rio de Janeiro, para se dedicar exclusivamente à Biologia e à pesquisa do mico-leão-preto, espécie considerada extinta por quase um século. Aos 32 anos, Claudio começou a estudar Biologia e não parou mais. A mudança foi radical e incluiu sua esposa, Suzana Padua, e seus três filhos, que, no final da década de 80 tiveram de se mudar com ele para o Pontal do Paranapanema (extremo oeste de São Paulo) a fim de que pudesse pesquisar o mico-leão-preto, um dos primatas mais raros e ameaçados de extinção no mundo.
Com o decorrer das pesquisas de Claudio, foi identificado que, para uma conservação efetiva da espécie, seria necessário o apoio dos moradores do entorno da área onde se localiza o habitat do mico-leão preto. Começava aí o trabalho de educação ambiental do IPÊ, liderado por Suzana que, ao envolver as comunidades da região, iniciou o processo de conscientização sobre a importância da proteção da natureza. Aos poucos, as pessoas foram compreendendo que a conservação do mico-leão-preto ajudaria não só a conservação da Mata Atlântica da região, extremamente ameaçada, bem como as suas próprias vidas.
Outros pesquisadores e estagiários, que naquela época já acreditavam que é impossível separar conservação de educação ambiental e envolvimento comunitário, uniram-se a Claudio e Suzana para criar o IPÊ, que inicialmente teve sua sede em Piracicaba (SP). Suzana é atualmente presidente do instituto e Claudio, diretor científico.
Hoje, o IPÊ é considerado a terceira maior ONG ambiental do Brasil, possui título de OSCIP e tem sede em Nazaré Paulista (SP). O instituto, que começou com o Projeto Mico-Leão-Preto, hoje conta com mais de 90 profissionais trabalhando em cerca de 30 projetos espalhados pelo Brasil - Estação Ecológica de Anavilhanas (AM), uma área particular em Portel (Pará), Pontal do Paranapanema e Nazaré Paulista (SP) e Parque Nacional do Superagüi (PR). O IPÊ mantém pesquisas também em regiões como Ariri , Ilha Grande e Ivinhema.
Nos locais onde atua, a organização tem adotado o modelo IPÊ de Conservação, desenvolvido com base nas experiências obtidas com os anos de trabalho. É um modelo de ação integrado que inclui pesquisa de espécies ameaçadas, educação ambiental, restauração de habitats, envolvimento comunitário e desenvolvimento sustentável, conservação da paisagem e envolvimento em políticas públicas. Um dos objetivos do IPÊ é conservar a biodiversidade respeitando as tradições d as comunidades do entorno dos locais que precisam ser protegidos e onde são realizadas as pesquisas do IPÊ. As alternativas sustentáveis para geração de renda surgem para criar novas fontes de sustento para as famílias destas regiões, o que auxilia na diminuição da pressão humana sobre a biodiversidade local.
Uma das preocupações do IPÊ desde a sua criação é a transferência do conhecimento adquirido em suas pesquisas. Por isso, capacita continuamente seus profissionais e dá oportunidades e incentivo a seus estagiários que, muitas vezes, continuam a trabalhar no instituto após a graduação. Como parte do processo educacional, hoje a instituição já conta com 16 mestres, 6 mestrandos, 5 doutores e 7 doutorandos, muitos deles professores do Centro de Biologia da Conservação (CBBC) - centro de ensino multidisciplinar criado pelo IPÊ para multiplicar e transmitir o conhecimento em biodiversidade e temas socioambientais a um público amplo, que inclui todos os segmentos sociais.
Os trabalhos desenvolvidos pelo IPÊ têm obtido resultados expressivos, fato reconhecido pelo número de prêmios recebidos nos últimos anos. Entre eles, destaca-se o Prêmio Tecnologia Social da Fundação Banco do Brasil, Prêmio Rolex, Prêmio Forbes, Gazeta Mercantil, Jornal do Brasil e o Whitley Gold Award, considerado o Oscar da conservação do meio ambiente internacional. Em 2003, o instituto foi um dos vencedores do Prêmio Bem Eficiente, que premia as 50 entidades mais bem administradas do país, além de vários reconhecimentos prestigiosos nacionais e internacionais.
