O IPÊ realiza trabalhos de educação ambiental junto às populações do município de Novo Airão e comunidades ribeirinhas do entorno da Estação Ecológica de Anavilhanas, desde 2001.

Por meio de uma abordagem construtiva da educação, o IPÊ encoraja pessoas a assumirem um papel de sujeitos ativos, exercendo sua cidadania e respeitando a vida da região. Isso é alcançado utilizando-se uma multiplicidade de técnicas de sensibilização e diálogo que envolvem as pessoas nos programas de conservação: valorização da cultura local; desenvolvimento de meios que potencializam a criatividade de projetos sustentáveis. Insere-se como conteúdo a dimensão da biodiversidade, das populações humanas e das culturas regionais (com as mitologias e as histórias que incluem os seres da floresta).

A conservação do peixe-boi e das espécies da fauna e flora, que se encontram ameaçadas na região, é destacada com a finalidade de sensibilizar os atores locais sobre a importância desses animais para a biodiversidade brasileira e, em última instância, para a sua própria sobrevivência. A idéia é que as pessoas sensibilizadas tornam-se agentes nos processos de defesa ambiental e conservação. O IPÊ parte do princípio que a natureza e o ser humano são inseparáveis e que um pode beneficiar o outro quando a compreensão desse princípio é ampliada.

Desde 2002, o IPÊ participa do Ecofestival do Peixe-Boi (celebração anual na região), em Novo Airão, com um programa de educação ambiental que visa tornar essa espécie um símbolo digno de orgulho e atenção. Há três anos, organiza junto às escolas do município atividades durante a Semana do Meio Ambiente, abordando temas levantados pela população local. As atividades nesses eventos incluem oficinas, palestras, seminários, concursos de arte, passeatas, entre outras.

A educação ambiental desenvolvida pelo IPÊ é integrada às atividades do Programa de Conservação e Uso Sustentável da Biodiversidade, através da realização de ações e da promoção de espaços temáticos, tendo em vista o uso sustentável dos recursos naturais, levando em conta inclusive a perspectiva de gênero. Gera-se, desta forma, as condições necessárias para um dialogo entre os saberes das populações ribeirinhas e o científico, permitindo o desenvolvimento de pesquisas e projetos sustentáveis com vistas ao alcance da melhoria da qualidade de vida.