• Floresta de Igapó: termo Igapó é empregado para designar áreas de florestas inundáveis localizadas ao longo dos rios de águas claras e pretas e também algumas áreas de encharcamento - devido à proximidade de terra firme. Sua vegetação é caracterizada por uma pobre quantidade de biomassa e uma grande variedade de plantas de baixa diversidade. Esse ecossistema contribui significativamente para alta diversidade da ictinofauna do baixo do rio Negro, pois além de abrigo, ela fornece a maioria dos alimentos consumidos pelos peixes, seja na forma de frutos, sementes e/ou folhas, seja como insetos e outros vertebrados. A floresta de Igapó do Baixo Rio Negro é caracterizada por baixa diversidade, porém essas áreas são e extremamente interessantes, em face de distribuição restrita de algumas espécies concernente a esse hábitat. Estudo realizado no plano de manejo da Estação Ecológica de Anavilhanas identificou a presença restrita das comunidades de Oriza parenis, Eugenia inundata, Simmeria paniculata, Coocoloba ovata, Eschweilera tenuifolia, Heterostemum mimisoides, Licania densifolia, Nectandra amazonum, e Astrocarium jauari, Virola surinamensis, Swartzia laevicarpa e a Ocotea cymbaru. Sendo que Virola surinamensis, Swartzia laevicarpa e a Ocotea cymbaru são, espécies que sofrem alto grau de exploração, devido à demanda comercial.

• Floresta de Terra Firme: Esta fisionomia foi caracterizada como Matas Pesadas ou Densas, com grande estoque de biomassa, onde sua escuridão exige grande especialização de mecanismo à economia de luz. A floresta de Terra Firme constitui um mosaico de características ecológicas e de microclima, onde não ocorre escassez ou excesso de água, fator que contribui para maior diversidade da fauna e flora. Dentre algumas espécies representativas de Terra Firme, foram encontradas no Baixo Rio Negro amostras de Eschweilera coreacea (matá-verdadeiro) E. grandiflora (m. matá-rosa), Licania heteromorfa, Protium hebetatum (breu vermelho), chrysophyllum sanguinollentumi, Guatteria olivacea (envireira) e Oenocarpus bacaba (bacaba), única palmeira de dossel. Das espécies emergentes pesquisadas, destacam-se: Caryocar glabrum (piquiarana), Caryocar Vilosum (piquiá) e Parkia decussada (faveira). O Caryocarsp, Aspidosperma sp e Mezilaurus itauba, são as principais espécies exploradas, devido à pressão do mercado.

• Floresta de Campina e Capinarana: As florestas de Campina e Capinarana são vegetações ralas e abertas, que se desenvolvem em áreas esparsas de areia branca, apresentam uma baixa diversidade e um alto grau de escleromorfismo. Trata-se de um dos hábitats amazônicos mais difíceis para colonização de plantas, principalmente pelos fatores ambientais críticos como falta de nutrientes, temperatura alta e "stress" hídrico. No geral, as Florestas de Campina/Capinarana do Rio Negro caracterizam-se por apresentar um grande número de endemismo, com áreas de dispersão restrita. Dentre as espécies estudadas no plano de manejo da Estação Ecológica de Anavilhanas, as gramíneas e Cyperaceas (Langenocarpus sabanenses) merecem destaque.

• Vegetação de Caatinga-gapó (Campina inundável): Em alguns rios de água preta, tal como o rio Negro, em algumas partes de seu curso, a amplitude de terra inundada é inteiramente revestidas por arbustos e pequenas arvoretas de alturas iguais, na borda das quais a floresta virgem sobe abruptamente a alturas duas vezes superior às margens e é chamada pelos moradores locais de "Caatiga-gapó", que apresenta uma freqüência de floração muito maior que em outros ambientes. Todavia, seus frutos dificilmente são comestíveis e as árvores não crescem na magnitude daquelas encontradas na floresta densa. Das poucas espécies estudadas no baixo rio Negro às Jaqueshusena purpúrea, a Perissocarpa e a Plinia sp, merecem destaque pela sua raridade.

• Campinarana Arbórea Densa Encharcada (Chavascal): Trata-se de uma faciação da floresta de Capinarana que ocorre predominantemente na bacia do Rio Negro, em intrincada rede hidrográfica, que nos períodos de chuva fica encharcada. A formação é fisionomicamente composta por indivíduos arbóreos finos, formando uma massa vegetal compacta. Na sua composição, há predominância de palmeiras como Patuá (Ocnocarpus patuai), açai-chumbinho (Euterpe precatória), e bussu (Manicaria martiana) e entre as espécies lenhosas, predominam o macucu d'água (Henriquezia sp) e a envirinha (Xylopia sp).