O Peixe-Boi da Amazônia enfrenta inúmeras ameaças, como a caça e a degradação do meio ambiente. A espécie está listada como "vulnerável" pela IUCN (União Mundial Para a Natureza) e consta na lista oficial da fauna brasileira ameaçada de extinção (IBAMA). Além disso, o peixe-boi amazônico está incluído no Apêndice I da CITES (Convenção sobre Comércio Internacional de Espécies Ameaçadas da Flora e Fauna Selvagem) que trata das espécies ameaçadas de extinção.

Em 2003, o IPÊ iniciou o Projeto Peixe-Boi, com o objetivo de criar e implementar um programa de conservação para a espécie e seu hábitat, por meio de atividades conservacionistas desenvolvidas a partir de pesquisas científicas e de educação ambiental com a comunidade local (atividade desenvolvida pelo IPÊ na região desde 2001).

Pouco se sabe sobre a ecologia populacional do peixe-boi no rio Negro devido à natureza tímida dessa espécie e por habitar as águas escuras, o que dificulta sua visualização na natureza. Seu comportamento é pouco conhecido e os estudos comportamentais derivam de animais em cativeiros. O Peixe-Boi costuma viver em pequenos grupos sociais (cerca de 8 indivíduos) e o vínculo maior da espécie é entre a mãe e seu filhote.

O peixe-boi amazônico é a menor espécie de sirênio, e só existe na Bacia Amazônica. Pode alcançar 2,80 m de comprimento e pesar por volta de 500 kg. Sua coloração varia de cinza escuro a negro, sendo que muitos animais têm partes do abdome branca ou rosada. A espécie possui apenas os dentes molares, o que influencia na sua alimentação, que é composta exclusivamente por plantas vasculares aquáticas e semi-aquáticas. Na bacia amazônica as mudanças sazonais no nível da água afetam a disponibilidade de alimento.

Com o projeto peixe-boi, o IPÊ pretende realizar pesquisas sobre essa espécie em vida livre, no Rio Negro, na Estação Ecológica de Anavilhanas. O objetivo inicial é levantar dados sobre biologia, comportamento e local de maior ocorrência do peixe-boi em Anavilhanas. Posteriormente, serão colocados rádios-colares nos animais para que possam ser monitorados pelos pesquisadores do Instituto, a fim de serem levantados outros dados como estudo da dieta, DNA, status genético da espécie, avaliação sanitária, densidade da espécie, índice de caça, entre outros. Todas as pesquisas realizadas culminarão na elaboração de um plano de manejo para a conservação da espécie na região da ESEC Anavilhanas.