A sede do IPÊ está em Nazaré Paulista, localizada a menos de 100 quilômetros de distância da cidade de São Paulo. Este município destaca-se pelas belezas cênicas e naturais, além de fazer parte de uma região estratégica para o uso e a conservação de recursos socio-ambientais como a água e a Mata Atlântica. É nesse local que se encontram os reservatórios do Sistema Cantareira, responsável pelo fornecimento de água a quase dez por cento da população brasileira. Para ajudar a conservar esses recursos, o IPÊ desenvolve projetos de pesquisa e educação ambiental, atrelados a ações de conservação na região. Os principais temas dos projetos desenvolvidos em Nazaré são: restauração de áreas de Mata Atlântica, conservação de mamíferos silvestres, serviços ecossistêmicos e negócios sustentáveis.

É também em Nazaré Paulista que o IPÊ concentra suas atividades de capacitação para estudantes e profissionais que lidam com temas socio-ambientais. Essas atividades acontecem por meio do CBBC – Centro Brasileiro de Biologia da Conservação, com a realização de mais de 30 cursos ao longo de cada ano para públicos variados, e também por meio da ESCAS – Escola Superior de Conservação Ambiental e Sustentabilidade, com um curso de mestrado profissional em Conservação da Biodiversidade e Desenvolvimento Sustentável.