A fragmentação florestal tem levado a conversão de um ambiente natural a um ambiente fragmentado, no qual a paisagem se transforma de floresta contínua em fragmentos florestais rodeados por áreas de cultivo, pecuária e cidades. Estas mudanças geram alterações não somente na flora e fauna locais como também na dinâmica de transmissão de doenças infecciosas.
Muitos patógenos, antes mantidos em níveis endêmicos e em equilíbrio com o ambiente, tem se tornado ameaças a vida humana e de animais. Estes patógenos são responsáveis pelas doenças infecciosas emergentes ou reemergentes.
A fragmentação ambiental envolve a redução no tamanho do fragmento remanescente, diminuição da conectividade com outros fragmentos e aumento da relação entre borda e interior. Uma das conseqüências da fragmentação de áreas de floresta contínua é a redução da diversidade de espécies. Entretanto certas espécies generalistas e com pouca área de uso podem apresentar uma alta densidade em fragmentos alterados, pela ausência de predadores e outras espécies competidoras. Portanto, carrapatos nestas áreas tendem a ser mais infectados, pois se alimentam durante seu ciclo de vida de uma população pequena e pouco diversificada de vertebrados, o que contribui para a manutenção de altas taxas de prevalência dos patógenos nestas áreas e aumento do risco de infecção da população de mamíferos, incluindo os humanos.
A região do Pontal do Paranapanema, extremo oeste do estado de São Paulo é um exemplo recente de fragmentação florestal e alteração ambiental. Pela paisagem apresentada nesta região, composta por vários fragmentos florestais circundados e pressionados por ações antrópicas, esta área torna-se um importante local para buscar o entendimento do efeito epidemiológico da fragmentação florestal, assim como suas prováveis relações com a emergência, ou reemergência, de doenças infecciosas.
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