Os trabalhos desenvolvidos pelo IPÊ têm obtido resultados expressivos, fato reconhecido pelo número de prêmios recebidos nos últimos anos. Entre eles, destaca-se o Prêmio Tecnologia Social da Fundação Banco do Brasil, Prêmio Rolex, Prêmio Forbes, Gazeta Mercantil, Jornal do Brasil e o Whitley Gold Award, esse último, considerado o Oscar da conservação do meio ambiente internacional. Em 2003, o instituto foi um dos vencedores do Prêmio Bem Eficiente, que premia as 50 entidades mais bem administradas do país, além de vários reconhecimentos prestigiosos nacionais e internacionais. Conheça todos os prêmios:
2010
- Prêmio Empreendedor Social América-Latina
Prêmio Professor Samuel Benchimol (Amazônia)
2009
- Prêmio Empreendedor Social (Brasil)
- Prêmio Ford de Conservação Ambiental
2008
- Golden Ark Award
- Whitley Award
2007
- X Prêmio Cidadania Mundial
2006
- XI Prêmio Ford Motor Company de Conservação Ambiental
2005
- Prêmio As mulheres mais influentes do Brasil - Categoria Ecologia - Revista Forbes
- Prêmio Tecnologia Social Fundação Banco do Brasil
- Prêmio Ambiental Von Martius
2004
- Prêmio Especial SuperEcologia 2004 da revista Superinteressante
- Prêmio A Marca Você S.A. 2004, da revista Você S.A
- The Rolex Awards Enterprise 2004
2003
- Prêmio Bem Eficiente, da Kanitz & Associados - As 50 entidades mais bem administradas do Brasil
- Prêmio Ambiental de 2003 da Conde Nast Traveler
2002
- Rausing Continuation Award
- Whitley Gold Award
- Finalista do Prêmio Mulher do Ano - Revista Claudia
- Finalista do Prêmio Empreendedor Social - Ashoka/Mckinsey
2000
- Prêmio Wildlife Preservation Trust International de Conservação da Natureza
- Prêmio Melhor ONG do Ano, da Society for Conservation Biology
1999
- Prêmio Destaque em Meio Ambiente da Sociedade Soroptimist International
- Whitley Continuation Award da Royal Geographic Society, de Londres
1998
- Prêmio Henry Ford de Conservação da Natureza, da Ford do Brasil e Conservation International
1993
- Prêmio de Realizações da University of Florida (USA)
